1941年二战太平洋战争爆发，1943年3月美国将西南太平洋的舰队改编为第七舰队。第七舰队在1944年秋的雷伊泰湾海战中归属于麦克阿瑟将军指挥的西南太平洋方面军，当时的舰队司令是托马斯·金凯德中将。1947年1月，这支部队又被改称为西太平洋海军部队，1949年8月被称为第七特遣舰队，直到1950年2月才又正式恢复第七舰队的旧称至今，参加过1950年至1953年的朝鲜战争和1965年至1975年的越南战争，1991年参加波斯湾战争等。
台海活动
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1950年6月底韩战爆发后，美国总统杜鲁门宣告台湾海峡中立化，下令第七舰队通过台海，吓阻共军。1950年8月4日，第七舰队成立了第77.3特遣支队（Task Group 77.3），作为“台湾巡防队”（Formosa Patrol），8月24日改编为第72特遣队，并更名为“福尔摩沙海峡舰队”（Formosa Strait Force），托马斯·豪威尔·宾福德（荷兰语：Thomas Howell Binford）海军少将是这支部队的第一任指挥官，以圣保罗号重巡洋舰（英语：USS Saint Paul (CA-73)）作为旗舰。[2]
1955年的大陈岛撤退中，第七舰队和国军合力进行军民的撤退行动，主要为大陈岛的居民撤退护航，冷战时期，随著《中美共同防御条约》在华盛顿正式签字，中美军事协调会议确认第七舰队在台北设立“台湾联络中心”，并于1955年成立美军协防台湾司令部（USTDC)，第一任驻台美军司令由时任第七舰队司令蒲赖德中将担任，1955年底“福尔摩沙海峡舰队”改名“台湾巡防水面舰队”（Taiwan Patrol Surface Force），编号第72.1特遣支队（TG 72.1）。1958年的八二三炮战中曾为中华民国海军补给船护航，1959年11月1日改名“台湾巡防舰队”（Taiwan Patrol Force），利用左营海军基地作为驻点，并透过高雄港运补物提供物资[2][3]，直至1970年代后期断交为止。
1996年，中华民国举行首次总统民选，中国大陆方面对台湾本岛基隆、高雄的外海发射短程弹道飞弹，台湾均陷入战争爆发的恐慌中，导致美国总统比尔·柯林顿下令第七舰队尼米兹级核动力航空母舰及从波斯湾调来的独立号航空母舰两艘航舰打击群开进台湾周边海域，为越战结束后美国海军在东亚地区最大的一次兵力集结。往后，台湾每届总统大选，美国为了防止中国大陆以武力干涉台湾选举，会在每届中华民国总统选举到就职典礼那一段期间，常态性的巡弋台湾海峡；2012年中华民国总统选举后，台湾海峡情势较往年缓和，美军第七舰队并未在台湾沿海有大规模活动，仍以日韩两地当作主基地，但一部分兵力改于菲律宾和澳洲北部的达尔文港驻扎。